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metadata.dc.type: article
Título : Molecular diagnostics to identify fungal plant pathogens – A review of current methods
Autor : Bernreiter, Andreas
Palabras clave : PCR;NEXT-GENERATION SEQUENCING;SANGER SEQUENCING;MOLECULAR DIAGNOSTICS;FUSARIUM
Fecha de publicación : 2017
Citación : Bernreiter, Andreas. (2017). Molecular diagnostics to identify fungal plant pathogens – A review of current methods. Ecuador es calidad: Revista Científica Ecuatoriana. Vol. 4. pp. 26-35
Resumen : The following review gives a broad overview of current methods for identification of fungal plant pathogens. Furthermore, some selected previous studies with focus on relevant pathogens for Ecuador are presented and there will be a brief discussion to the future of molecular diagnostics in plant pathology. Currently, most molecular diagnostic tools are based on the polymerase chain reaction (PCR) technology. A selection of technologies based on PCR is presented and the advantages and disadvantages are discussed. Next generation sequencing (NGS) is a powerful new diagnostic tool, which has the advantage for simultaneous identification of multiple infections and is able to discover new and unknown pathogens. Mass spectrometry methods are so far mostly tested in clinical diagnostics, but upon successful establishment of diagnostic procedures, applications in plant pathology will follow in near future. Plant diseases are often caused by fungal or fungal-like organisms and the effect on the host plants is usually more severe than effects caused by viruses or bacteria. Identification of fungi in laboratories was until now primarily performed by conventional methods such as colony morphology and microscopic characteristics, but such morphological studies are time consuming and can lead to erroneous outcomes.
Descripción : La siguiente revisión ofrece una visión amplia de los métodos actuales utilizados para la identificación de hongos fitopatógenos. Además, se presentan estudios previos centrados en patógenos relevantes para el Ecuador y una breve discusión sobre el futuro del diagnóstico en fitopatología. En la actualidad, las herramientas de diagnóstico que aplican biología molecular se basan en la tecnología de reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Se presenta una selección de tecnologías basadas en PCR y se discuten sus ventajas y desventajas. Igualmente, las tecnologías de punta utilizadas para sequenciacion (NGS), son una poderosa herramienta de diagnóstico, que presentan la ventaja de permitir la identificación simultánea de múltiples infecciones y es capaz de descubrir agentes patógenos desconocidos. Los métodos basados en espectrometría de masas son utilizados principalmente para diagnóstico clínico, pero mediante un acertado desarrollo de protocolos, este método también se aplicara a patología vegetal. Las enfermedades de las plantas a menudo son causadas por hongos y con efectos generalmente más severos que los causados por virus o bacterias. Hasta ahora la identificación de hongos en laboratorios se realizó principalmente mediante métodos convencionales, tales como morfología de las colonias y sus características microscópicas, pero tales estudios morfológicos consumen tiempo y pueden conducir a resultados erróneos.
metadata.dc.description.uri: http://www.agrocalidad.gob.ec/revistaecuadorescalidad/index.php/revista/article/view/59/106
URI : http://repositorio.educacionsuperior.gob.ec/handle/28000/5047
ISSN : 1390-9223
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